MC是一種單環七肽物質，具有明顯的肝細胞毒性。由于多肽中兩種可變氨基酸組成的不同，具有多種異構體。其中存在最普遍、含量最多的是MC-LR，MC-RR，MC-YR這3種微囊藻毒素（L、R、Y分別代表亮氨酸、精氨酸和酪氨酸）。國內外研究最多的主要是MC-LR和MC-RR。MC的毒性和其結構相關，Adda是表達MC毒性性的必需基團。研究表明，MC-LR的急性毒性*，MC-YR次之，MC-RR最弱。 

MC單環結構分子量在900~1100道爾頓，是水體中最常見的一種藍綠藻毒素。一般結構為環（D-丙氨酸-L-X-赤-β-甲基-D-異天冬氨酸-L-Z-Adda-D-異谷氨酸-N-甲基脫氫丙氨酸）。分子上1位是Ala-右旋-丙氨酸；2，4位上的X和Z分別代表不同的氨基酸；3位上是MeAsp-D-赤-β-甲基天冬氨酸；5位上是（2S，3S，8S，9S）-3-氨基-9-甲氧基-2，6，8-3甲基-10-苯基-4，6-二烯酸，簡稱Adda；6位上是Glu-異谷氨酸；7位上是Mdha-N-甲基脫氫丙氨酸或Dha-脫氫丙氨酸。其中，Adda（3-氨基-9-甲氧基-2，6，8-三甲基-10-苯基-4，6-二烯酸，3-amino-9-methoxy-2，6，8-trim ethyl-10-phenyldeca-4，6-dieno ic acid）是一種特殊的氨基酸，是毒素活性表達所必需基團；R1和R2在不同的微囊藻毒素變體中代表不同的L-氨基酸，并以此為該毒素命名。在已發現的MCs異構體中，最常見且已商業化提取的是MC-LR、MC-YR、MC-RR、MC-LF、MC-LW，L、R、Y、F、W分別代表亮氨酸、精氨酸、酪氨酸。